Dirección General de Salud Digital.

• Dirección de Tecnologías de la Información y Comunicaciones (T.I.C.´S).
• Dirección de Sistema e Implementación.
• Dirección Gestión de Riesgos y Servidores.
• Dirección de Calidad y Comité Provincial de Calidad.

Dirección General de Epidemiología y Salud Ambiental.

• Dirección de Salud Ambiental.
• Dirección de Registro y Control de Alimentos.
• Dirección de Epidemiología e Información en Salud.

Dirección General de Prestaciones Médicas y Programas Sociales.

• Dirección de Prestaciones Médicas y Programas Sociales Zona Sur.
• Dirección de Prestaciones Médicas Zona Norte.
• Dirección Administrativo Contable.

Dirección General de Insumos Farmacéuticos.

• Dirección Técnica.